Le Moyen-Âge court de 476 à 1492 et peut se décomposer en trois périodes : le haut Moyen Âge, le Moyen-Âge central et le Moyen-Âge tardif. Le début du Moyen-Âge dans la région est notamment marqué par l’arrivée des Bretons dans la péninsule armoricaine. La région est sujette à de profondes mutations pendant la période, à la fin de laquelle elle entre sous domination française.

Le haut Moyen-Âge, qui va de la chute de l’Empire romain, en 476, à l’an mil, se caractérise notamment dans la région par la bretonnisation de la péninsule, suite à l’immigration de Bretons en provenance de l’ouest du Royaume-Uni actuel. C’est au début du Moyen-Âge que la péninsule armoricaine est désignée par le nom de « Brittania », qui deviendra plus tard « Bretagne ». La langue bretonne se développera dans la région suite à l’arrivée des ces migrants et les noms des lieux changent. Le christianisme se développe également sous l’impulsion des nouveaux venus. La région, divisée en plusieurs royaumes issus des peuples d’outre-Manche dont proviennent les Bretons, sera rassemblée en un seul à partir du 9ème siècle. Les Bretons rencontrent par ailleurs les Mérovingiens puis les Carolingiens. La fin du haut Moyen-Âge est également marquée par de nombreuses incursions vikings.

Au Moyen-Âge central, de l’an mil à 1300, un réseau de paroisses et de trèves voit notamment le jour, encore observable dans la géographie des communes et villages de la région. Un système féodal se met également en place. La population augmente, le paysage de bocage se constitue progressivement suite aux défrichements. Bourgs et villes se constituent en plus grand nombre, malgré une société qui reste encore majoritairement rurale et autarcique.

Au Moyen-Âge tardif, de 1300 à 1532,  la Bretagne s’unifie progressivement en duché, non sans guerres et heurts, dont la Guerre de Succession de Bretagne, au milieu du 14ème siècle. La péninsule est sujette aux influences des royaumes de France et d’Angleterre et fait l’objet de rivalités lors de conflits. Le duché, divisé en seigneuries dirigées par l’aristocratie, connait au 15ème siècle une période de prospérité. L’économie se diversifie, les villes se développent, dont Rennes, la capitale du duché. La Bretagne présente alors les caractéristiques d’un futur état : parlement, université, monnaie, impôts, cour, assemblée des États de Bretagne. Mais le royaume voisin est plus puissant et malgré des luttes politiques et guerres pour l’indépendance, la Bretagne est finalement rattachée à la France en 1532.